細(xì)菌能引起腸炎，也是肉雞腸毒綜合癥的病因之一：如沙門氏菌、產(chǎn)氣夾膜梭菌等，通過刺激破壞腸道黏膜，同時引起炎癥使腸蠕動速度加快，消化液排泄過多，飼料通過消化道的時間縮短，導(dǎo)致消化不良。

病毒也是引起腸毒綜合癥的誘因之一；如呼腸弧病毒引起腸炎，損害腸道的吸收功能。

由于季節(jié)、飼料、病原微生物等原因引起腸道菌群失調(diào)，產(chǎn)生大量乳酸，使腸道內(nèi)PH值嚴(yán)重降低，腸道內(nèi)環(huán)境發(fā)生改變，有益菌減少有害菌大量繁殖，又由于此時腸道處于厭氧環(huán)境，魏氏梭菌、腸梭菌等厭氧菌會大量繁殖，有害菌與球蟲相互協(xié)調(diào)而加強了致病性。

這樣就會造成有益菌減少，而有害菌大量生長繁殖，特別是大腸桿菌、沙門氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激腸道粘膜使腸蠕動加快，消化液排出增多，飼料通過腸道的時間縮短，消化不良，未消化的飼料隨同脫落的粘膜一起排出體外，形成特征性的西紅柿樣或魚腸樣糞便。

由于球蟲和有害菌大量生長繁殖導(dǎo)致消化不良和腸道吸收障礙，使電解質(zhì)吸收減少，同時，由于大量的腸粘膜細(xì)胞迅速破裂崩解，使電解質(zhì)大量流失，出現(xiàn)生理生化障礙，特別是鉀離子的大量流失，會導(dǎo)致心臟的興奮性過度增強，這也是肉雞猝死癥明顯增多的主要原因之一。

在發(fā)病的過程中，大量的腸道上皮細(xì)胞破裂，在細(xì)菌的作用下，發(fā)生腐敗分解，以及脫落的腸粘膜、死亡的蟲體等在體內(nèi)發(fā)酵分解產(chǎn)生大量有毒物質(zhì)，同時，腸道內(nèi)異常菌群分泌的毒素均會被機體吸收后發(fā)生自體中毒，出現(xiàn)興奮不安、尖叫、癱瘓而衰竭死亡等癥狀。

飼料中大量的能量、蛋白質(zhì)和部分維生素能促進(jìn)細(xì)菌與球蟲的大量繁殖，加重癥狀。所以營養(yǎng)越豐富，發(fā)病率就越高，癥狀就越嚴(yán)重。而飼喂品質(zhì)較低的飼料相對發(fā)病較低。另外霉變飼料也能加重病情。

長期用藥，使藥物對腸道粘膜造成損傷，引發(fā)腸炎。